టోక్యో మూడు నగరం పై నాల్గవ దేవదూత దాడితో మానవ భవిష్యత్తు నెర్వ్ అనే ప్రత్యేక ప్రభుత్వం చేతిలో ఉంది, రెండవ ప్రభావంతో సతమతమవుతుంది. బాలుడు షింజి ఐకారి ని ఎవా-01 ను పైలట్ చేయాలని బలవంతం చేసారు. తను ఎవా-00 యొక్క పైలట్ రే అయనామితో కలిసి పోరాడాలి, ఆరవ దేవదూత వలన ఎవా-01 దెబ్బతింటుంది. దేవదూత ని ఓడించడానికి, మిసాటో కట్సురాగి జపాన్ యొక్క విద్యుత్తు మొత్తాన్ని ఎవా-01 పాజిట్రాన్ ఫిరంగిలో సేకరిస్తాడు.
